一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺结节不治疗是不会变小的。建议应及时进行检查治疗，如果出现了压迫症状，疼痛、吞咽困难、呼吸困难、声音沙哑等应及时进行手术治疗。为了防止术后复发和手术对癌细胞清除不完整，常采用中西医结合治疗，手术切除后饮食应注意清淡。
甲状腺囊肿形成的原因：
1、甲状腺腺瘤改变是由于瘤体缺血液化形成囊肿；
2、原发性囊肿是甲状腺腺体退化，多见于老年患者，属良性病变。如果不影响外观或压迫周围器官，就不需要做手术。甲状腺结节分为恶性结节和良性结节，恶性结节一般为实质性结节，边界不清、血流丰富、内部有钙化的囊性结节很可能为良性结节，内部无血流或钙化。
甲状腺囊肿通常不会自行消失。
甲状腺结节或甲状腺病变，可能与机体碘缺乏病等有关。一般情况下，如果身体无其余不适症状，应定期复查工作，定期随访，囊肿大，影响身体功能，出现呼吸窘迫，应及时进行治疗处理。创造良好的生活习惯休息时间，避免长期疲劳、熬夜等，适当休息。如出现身体异常，及时到医院检查，明确具体情况，避免拖延时间。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
通常情况下，甲状腺囊肿不能自己消除。具体分析如下：
甲状腺囊肿是由甲状腺结节囊性变而来，绝大多数为良性。多数甲状腺囊肿本质是结节性甲状腺肿或甲状腺腺瘤，前者最常见，往往多发，经历了增生期、胶质贮存期，最后到结节期。在囊性变之后，就成了所谓的囊肿，不会自行消失，而且还会逐渐增大。甲状腺囊肿病变性质不容易发生変化，少数人可以有囊内出血而迅速增大，但这种变化多可以自止，病变性质无变化，不必过于紧张。
