通常情况下，阴茎3厘米长只有通过手术的方式进行治疗。具体内容如下：
一个成年男性的阴茎只有三厘米长，通常是不正常的，可能性先天性发育问题，或者是处于青少年时期，长期有自慰的习惯导致的阴茎短小。三厘米长的阴茎，只能考虑通过手术治疗，建议去正规的医院挂泌尿科就诊，做阴茎延长术。
手术恢复期间，忌酒精、辛辣食品摄入。日常生活中多食用清淡食物，可以多吃水果、新鲜的蔬菜等。保证每日饮水量，保持尿路通畅。
阴茎短小有办法解决，可以在指导下进行检查，确定是不是生殖器发育短小，如果出现阴茎短小影响性生活，可以通过阴茎延长术进行治疗。把隐藏在盆腔里的那一部分阴茎拖出来，从而达到延长的目的。
阴茎短小可以去医院做阴茎延长手术治疗，多喝开水，注意休息，注意保暖，注意卫生，生活要有规律，不要熬夜。平时要积极锻炼身体，积极加强营养，来增加阴茎的硬度，多吃新鲜的蔬菜和水果。
成人阴茎勃起后长11-16cm，周长10.8cm，自然状态下长7-9cm，周长6.9-9.4cm，测量方式是从龟头到阴茎背侧（即和腹部连接处）根部的长度。饮食疗法对阴茎增粗增大有一定的辅助作用，常吃牛肉、羊肉、狗肉、豆制品可能使阴茎和第二性征的发育。
阴茎在勃起的状态下达到14厘米，是一个正常的长度，说明个人的发育还是不错的，一般在10厘米左右就属于正常。如果阴茎在疲软状态下，达不到6厘米，或者是勃起状态下达不到8厘米，称为阴茎短小。引起阴茎短小大部分是先天性发育问题，也有一个重要因素就是，处于青少年时期的男性，因为长期过度手淫影响了阴茎的发育。一般到了18岁成年之后，阴茎的发育就已经定型。