腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
腱鞘囊肿术后3个星期之内不能做任何激烈的运动，特别是关节部位的剧烈、频繁的活动会引起肌腱鞘囊肿的反复发作，由于术后的局部组织尚未完全复原，过度的活动会造成大量的粘液流，从而使术中软肋部位出现囊肿。一些病人在手术中可能会出现粘连等症状，主要是因为长期的受限运动，所以要进行功能锻炼和康复治疗。经过积极的处理，可以得到显著的减轻或者回到正常人的状态。
腱鞘囊肿手术后复发可以进行二次手术。
术后出现的肌腱鞘囊肿复发，需要进行第二次外科切除。不过，做完这台手术，疤痕粘合的情况并不好。因此，在做完这一系列的手术之后，一定要谨慎地进行分离，避免对周围的神经和血管造成的伤害，术后要多休息，避免出现反复。伤口要及时进行换药和杀菌。要做好局部护理工作，注意休息。
通常情况下，腱鞘囊肿做手术后复发可以通过二次手术来改善。
腱鞘囊肿术后再发的可能性很小。如果复发，很有可能是因为首次手术后腱鞘囊肿囊壁没有彻底清除，或是新的囊肿在新的位置生长。如果囊肿复发并不会对日常生活造成很大的影响，也可以不治疗。如果出现局部疼痛压迫神经，引起疼痛、麻木等症状，可能会影响工作和生活，则要重新做一次手术。
通常情况下，腱鞘囊肿术后有很大的几率会出现，腱鞘囊肿虽然被摘除了，但肌腱依然存在，如果长期工作，或者受到了寒冷的影响，很有可能导致肌腱鞘的生长，出现局部渗出，从而导致了腱鞘囊肿的复发。一般情况下，如果是腱鞘囊肿，一般都可以用两个大拇指挤压挤压，如果囊肿体积大、质地坚硬，则需要在医生的建议下进行外科治疗。
手腕腱鞘囊肿可以通过手术治疗。治疗方法具体有：
1、若为早期腱鞘囊肿，并伴有腱鞘囊肿，可用手指按压，等待其吸收。
2、如果腱鞘囊肿比较大，同时伴有粘连，应以外科手术切除为主。腱鞘囊肿是一种很难治疗的疾病，必须要彻底的切除，这样才能避免复发。通常，在早期，主要是采用挤压等保守疗法。随着时间的推移，当腱鞘囊肿越来越大，并且越来越顽固时，必须进行外科手术。
