胚胎停止发育的原因可能是孕妇自身的因素，子宫发育畸形或者是免疫力低下，某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药，或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。也可能是胚胎染色体异常，精子的染色体异常。
遗传因素为最主要的因素，父母年龄，以及妇科因素，遗传因素与胚胎染色体异常有关，父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一，妇科因素，孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一。
胚胎停止发育之后，没有必要再采取保胎措施的，确诊为胚胎停止发育，就要及时的行清宫手术。胚胎停止发育如果不及时清宫会造成宫腔感染、凝血功能异常的风险。出现停止发育都是由于女性身体状况或者是男性精子质量等一些问题。
胚胎停育的原因有生殖内分泌方面，因为胚胎早期的发育的时候需要三个重要的激素水平，雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素，如果母体内源性激素不足就会造成胚胎的停育。二是生殖免疫问题，如果自身有某种抗体就会导致胚胎的发育。三是子宫的问题，如果子宫的内环境不好或者是畸形也不会发育。第四是染色体问题。
胚胎停育有三种因素1.遗传因素为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。2.父母年龄父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。3.妇科因素孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可导致胎儿停育的发生。
彩超提示胚胎停止发育，说明胚胎已经死了，没有活性，是不能救的。一旦彩超提示胚胎停止发育，就要及时行清宫手术。如果不及时的清宫，可能会导致宫腔感染、凝血功能障碍，就会导致流产的时候出血多。胚胎停止发育的原因有很多，单纯一次的胚胎停止发育说明不了什么问题，如果胚胎停止发育2次或2次以上，在下次怀孕之前，就要做相应的孕前检查。