巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
需要尽快手术治疗。巧克力囊肿直径在5-6公分左右，就会发生破裂现象，后果不堪设想。因囊液内的子宫内膜碎片会流到盆腔或者腹腔内任何位置，可能会种植在盆腔或者腹腔内的脏器上，会引起新的子宫内膜异位症病灶。
巧克力囊肿破裂要进行手术。巧克力囊肿破裂会引起剧烈的下腹部疼痛。应去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位导致，如果不及时清理干净，就会导致内膜在腹腔各处异位生长。
巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，还要使用抗生素进行抗炎治疗，防止继发感染，饮食清淡，不要吃辛辣和刺激性的食物，要以容易消化的软食为主，不要熬夜。
目前考虑为子宫内膜异位囊肿，建议月经干净2~3天再次到医院复查，超声除外生理性的卵巢囊肿，如果卵巢囊肿持续存在，还影响肿瘤标志物的化验，写出判断重复的性质，之后决定下步治疗。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
