目前主要有西药治疗、手术治疗和中医治疗技术等，药物治疗主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期，但对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗，腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
对于巧囊破裂怎么办的问题一定要重视，提到巧囊破裂怎么办为解答如下。巧克力囊肿破裂如果手术治疗是容易估计出血量的。如果保守治疗，主要根据贫血程度来预测出血量。粘连程度主要通过观察腹痛、发热等临床症状来判断。
巧囊穿刺时是需要麻醉的，不会有疼痛的，既然有疼痛感，都是可以能忍受的。需要注意休息，避免劳累，保持良好的心情和充足的睡眠，要注意个人卫生，穿刺前是需要禁止性生活的。
巧囊术后卵巢早衰可以通过以下方法进行治疗。其中西医一般有以下几种治疗方案：人工周期；促性腺素；免疫抑制剂。另外，可以通过中药治疗或中西药结合治疗方法使卵巢逐步恢复功能。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
