子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
治疗时要审因论治，针对瘀血这一实质，以活血祛瘀为主，再根据寒热虚实分别施以疏肝理气，温经散寒，益气补肾，清热消症等法。本病在临床以口服汤药效果较好，为提高临床疗效可同时配合针灸、灌肠、外敷药膏等，可以缩短疗程，加速疾病痊愈。
通常情况下，怀孕不建议治疗子宫内膜异位症。
子宫内膜异位症简称内异症，是子宫内膜组织长在子宫腔和子宫肌层外面位置的一种疾病。患者通常有痛经、血尿、腰痛等不适症状，治疗内异症的目标是去除病灶、减轻疼痛、促进生长发育，而怀孕以后，患者体内雌激素水平会降低，导致异位子宫内膜没有充分的雌激素刺激，就引起异位子宫内膜萎缩甚至死亡，对于异位子宫内膜起到抑制的作用。但并不能去除病灶，减轻疼痛，因此怀孕一般不建议治疗子宫内膜异位症。
当患有子宫内膜异位症时，应积极就医，根据病因治疗。
子宫内膜异位症术后备孕可以试孕或者是去生殖中心接受辅助生殖技术的助孕。保守性手术的复发率可以高达50%，甚至更多，复发后体内又会出现原有的紊乱。凡有生育要求的患者，要尽量争取在停药半年内怀孕，因为停药后随着月经的复潮，疾病往往还是会复发。所以子宫内膜异位症患者如何备孕需要由专业的医生根据病情、术中所见、生育指数评分给出个体化的建议。
子宫内膜异位症在体内雌激素水平降得非常低，以至于接近没有的时候，它可能会自愈。更年期以后或到绝经期以后，当雌激素降低至原来的五分之一以下，就有自愈的机会，因为那个时候就绝经了，卵巢功能衰退，如果不是这种情况，一般没有自愈的可能。
