骨囊肿主要是由于骨质发生了囊性变，这样骨质的强度降低，要进行手术治疗。这个手术要刮除囊肿，然后植入新骨，这样就会好的，一般没有什么明显后遗症的，要及早到医院行手术治疗，这样就能及时愈合。
在临床上是非常常见的，如果没有什么不舒服的症状，是不需要特殊的治疗的，主要就是积极的注意休息，避免长时间的剧烈运动，如果有一些膝关节的滑膜炎骨性关节炎需要积极的进行治疗，否则关节积液增多容易导致囊肿的增大。如果局部囊肿增大明显，产生的局部明显肿胀的感觉，影响到关节活动受限，是需要积极进行手术治疗的，需要进行手术切除。
对于上颌骨囊肿，应采取如下处理措施：采用全口弯曲断层片子和CT检查，确定囊肿的大小、与周边的联系。在全身麻醉时，传统的消毒、术区的渗透麻醉，用外科手术刀片直接切割上颌骨，大量的组织分离，取出粘骨膜，取出一部分骨头，露出囊内的囊，取出囊内的所有细胞。用碳酸盐烧灼骨壁上，完全清洗生理盐水，填充碘仿纱，并将伤口缝上。
舌骨囊肿主要是良性肿瘤，但如果它继续生长，可能会影响正常饮食并引起疼痛和肿胀。它可以在医院通过手术直接移除。若不放心，也可以配合活检排除恶性肿瘤。如果有疼痛和其他不适，请按照医生的建议服用特定的药物。
骨囊肿有很多种，绝大部分骨囊肿是良性的，一般没有任何临床表现。如果囊肿小的话，没有任何表现，如果囊肿长大了，可以发生骨骼膨胀变形。再就是机械力度下降，在受力的剧烈运动的时候负重的时候会感觉患部的疼痛。可能某种意外用力，因为骨骼的力学结构发生了改变，会导致病理性骨折，才发现有骨囊肿。骨囊肿绝大部分都是良性，经过及时的处理，刮除治疗固定可以完全恢复，恢复到完全正常。
