引起自然流产的原因有：.胚胎发育不全，怀孕的异常是早期流产的主要原因，在妊娠的头两个月的流产中，大约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致使胚胎发育到一定程度而终止。内分泌功能失调，受精卵在孕激素的作用下，才能在子宫壁上着床，生长发育成胎儿，当体内孕激素分泌不足时，使子宫壁膜发育不良，从而影响受精卵的发育，容易引起流产。
自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
如果不是很严重的话，应该是没有问题的，15周时还是会有一些妊娠反应的，尽量的卧床休息，不要有剧烈的运动，饮食上多吃青菜水果，多喝水，多补充维生素，多吃一些有营养的食物。
怀孕以后出现的自然流产一般属于胚胎发育不好的情况，是人类进化自然过程适者生存的表现。自然流产后，阴道出血的时间一般不会超过10天，但是流血量会比正常来一次月经量要多。如果B超检查宫内干净，可不必处理。等下一次来月经之后，可以选择同房。但是同房期间需要采取避孕措施。自然流产以后，不要在第二个月就怀孕，最好是自然流产半年以后才准备怀疑，对女性身体都比较好。
自然流产要休息两周左右的时间。
如果是自然流产，一般要在两个星期内多卧床休息，但是具体的时间与个人的身体状况以及平时的保养情况有关。如果是在自然人流后，注意在一个月之内不能进行性生活和盆浴，否则会引起病情恶化。平时要多吃一些富含维生素和高蛋白的食品，不要食用辛辣刺激的食品。做好常规复查，一旦发现有炎症，要遵医嘱服用抗菌药物的治疗，流产不彻底，要做好的清宫手术。
自然流产一般阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状，说明流干净了。一般在自然流产后一周需要到医院做一个子宫附件B超或彩超检查，看看宫腔内是否有残留物的回声，如果宫腔内没有残留物的回声，说明是流干净了。
