感染性心内膜炎疗程亦要足够长，力求治愈，一般为4～6周。对临床高度怀疑本病，而血培养反复阴性者，可凭经验按肠球菌及金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量药物治疗2周，同时作血培养和血清学检查，除外真菌，支原体，立克次体引起的感染。若无效，改用其他杀菌剂药物，感染心内膜炎复发时，应再治疗，且疗程宜适当延长。
心内膜炎严重，常见的心内膜炎就是发热了，但是发热的情况还有所不同，发热的低热程度，规则型，发热的时间长短，甚至个别的患者不会出现发热等。除了发热是一种征兆外，困乏，盗汗，没有食欲，体重不断的下降，皮肤变得苍白等这些也是这种疾病的一些外在表现。
小儿感染性心内膜炎的治疗方法有一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
1.一般治疗：一般治疗需要注意细心护理，保证小儿充足的热量供应，可少量多次输新鲜血或血浆，也可输注丙种球蛋白。
2.药物治疗：小儿感染性心内膜炎可以在医生的指导下使用药物进行治疗，比如万古霉素、青霉素、庆大霉素等，具体方法应根据具体情况决定。
3.手术治疗：如果药物治疗无效，病情仍旧比较严重，小儿感染性心内膜炎需要通过手术进行治疗。
一般情况下，感染性心内膜炎分为急性感染性心内膜炎和亚急性感染性心内膜炎，不同的情况，但是主要是用药物进行治疗。具体内容如下：
急性感染性心内膜炎相对较少，起病较急，致病菌毒力较强。关于感染性心内膜炎的治疗方法，首先是抗病原微生物治疗，其次是对症治疗和外科手术治疗。如果出现并发症，比如心衰，心律失常，需要对症治疗，必要时需要外科手术进行瓣膜置换术。
建议患者注意生活习惯改变：戒烟限酒，低脂低盐饮食，适当体育锻炼，控制体重等。
心内膜炎可能导致很多并发症，如充血性心力衰竭以及产生心肌的脓肿，甚至导致急性的传导阻滞，还有的导致心肌梗死，以及化脓性心包炎，以及心肌炎等并发症，有的还有可能导致脓肿的转移，以及细菌性动脉瘤的产生。心内膜炎对于神经系统也有一定的危害，如引起脑栓塞、脑细菌性动脉瘤，以及导致脑出血等。细菌性心内膜炎的患者，应该及时使用抗菌药物，要预防心膜炎的并发症。
