一般来说，阴茎刺痛可以通过手术治疗、一般治疗进行处理。具体分析如下：
阴茎刺痛如果是包皮过长，包茎引起的，一般可以消炎手术治疗，如果是龟头炎，尿道炎，前列腺炎引起的，可以在医生的指导下使用左氧氟沙星或头孢拉定加清热通淋胶囊口服。同时不能酗酒，熬夜，应该避免长长期大量的吃辛辣刺激的食物。
此外，患者还应该注意局部的清洁卫生，有助于改善症状。
细菌感染引起的前列腺炎阴茎疼痛，建议应用敏感抗生素治疗，再评估疗效，同时辅以非甾体抗炎药缓解疼痛，局部的按摩及热疗能够缓解疼痛。可以联合α受体拮抗剂，M受体拮抗剂等改善排尿症状和疼痛。
慢性前列腺炎除尿频、尿急、尿痛的症状外，还可出现骨盆区域疼痛，可见于会阴、阴茎、肛周部、尿道、耻骨部或腰骶部等部位。慢性前列腺炎必须化验前列腺液，评估是否严重，再决定怎么治疗，一般建议不要久坐，少吃辛辣刺激食物，多喝水，规范药物治疗。
引起男性阴茎刺痛感的病因很多，比如海绵体损伤、阴茎部位有炎症、再就是男性淋病、非淋的症状都是会直接引起阴茎刺痛感，如果是感染淋病非淋，不仅会出现阴茎局部刺痛，也是会出现尿道口流脓性分泌物，所以这个状况要重视，尽早做针对性检查治疗。
阴茎刺痛在临床上是十分常见的一种症状，可以由非淋球菌尿道炎引起。尿道炎主要是由于支原体衣原体感染引起的，这属于一种性传播疾病，通过不洁的性交互相传染，人体的尿道黏膜是支原体衣原体良好的宿主。它们在尿道黏膜引起炎症反应，造成排尿时阴茎刺痛，尿道分泌物增多。
多见于睾丸炎和损伤，睾丸炎除血行感染外，更常见的是细菌经尿道逆行至附睾和睾丸，造成附睾炎、睾丸炎。应该去医院检查是否有睾丸炎等引起的可能，明确后治疗。避免过频的性生活。
