对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。
肾结石应该进行手术治疗。肾脏结石需要根据结石的位置、大小及是否造成肾脏积水等多因素决定如何治疗。最常用的治疗方法是体外冲击波碎石。肾脏结石在2厘米以下的首选治疗方法，体外冲击波碎石无任何创伤。经过体外冲击波碎石后，需要定期进行观察随访，直至结石完全击碎排出为止。如果经过体外冲击波碎石治疗后的肾脏结石，没有任何的排出和改变，则可以选择手术治疗。
如果孕妇肾结石的病情是轻度的，可以多饮水，减少散步的次数，增加身体的代谢速度，从而加快体内的代谢，从而加快排泄。
如果怀孕期间出现了肾结石，建议到医院进行B超的诊断。如果石头不超过2公分，建议多饮水，每天适量的锻炼，避免草酸类的摄入量。在生产完成以后采用震波进行体外碎石。如果结石比较大，可以在生产后进行外科摘除。
附睾结石及时手术，如发现慢性炎症刺激，可能是炎症、疼痛、睾丸肿胀等，如果结石没有明显症状，可以暂时保守治疗，定期复查。如果保守治疗是使用消炎镇痛药，对症治疗可以缓解症状。附睾结石也称为精囊结石。生病期间不要吃刺激性辛辣的食物。不要抽烟喝酒，养成良好的工作和休息习惯。
肾结石如果是比较小的结石，可以采取药物排石的方式进行治疗。注意多饮水，多饮水可以增加尿量，稀释尿液中晶状物质浓度，减少结石的发生。排尿的过程还可以使一些小的结石随尿液排出体外。
