前者最常用于治疗水痘带状疱疹及Ⅰ型、Ⅱ型单纯疱疹病毒感染。该药物到达体内之后可迅速转化为阿昔洛韦，再进入到被感染的细胞当中，从而抑制病毒DNA的合成，终止病毒的复制，从而达到抗病毒作用。后者常用于带状疱疹和原发性生殖器疱疹。该药物在进入人体的消化道后会接受消化道给予的刺激，转变为有活性，有治疗效果的喷昔洛韦，然后渗透进入受到了病毒感染的细胞内部，对DNA的合成以及遗传信息的传递进行抑制。
都是属于抗病毒类的口服药。这两种口服药的主要区别是，前者用于带状疱疹和水痘或者是单纯疱疹，后者除了使用于带状疱疹或者是单纯疱疹以外，也可以用于一些免疫力下降或者是其他病毒类感染的疾病，用于艾滋病导致的免疫严重受损伴发的病毒感染。
主要是一个两个抗病毒药物的区别问题，这两个抗病毒药物是没有太大区别的，主要是一个分子式的相关区别。如果有病毒感染，使用这两个药物其中一种都是可以治疗的，同时需要增强机体的抵抗力才行。
阿昔洛韦临床上主要用于病毒引起的感染，如单纯疱疹、带状疱疹等，也可用于皮肤、黏膜感染等引起的单纯疱疹病毒感染，预防免疫缺陷疾病的发生。喷昔洛韦用于严重带状疱疹患者，如出血性带状疱疹，坏疽性带状疱疹，播散性带状疱疹，三叉神经支带状疱疹，带状疱疹脑膜炎、严重疼痛的早期带状疱疹等和免疫机能障碍并发的带状疱疹。
更昔洛韦是一种抗病毒的药物，临床中的主要用于巨细胞病毒感染的患者，更昔洛韦在正常的使用量的范围下和肾功能正常的情况下，副作用相对来说还是比较小的。尽管如此，临床中也会出现一些不良反应，常见的不良反应主要包括出现发热，寒颤，感染，溶血症，食欲减退，恶心，呕吐，白细胞，血小板的减少，贫血，神经系统方面可能会出现感觉异常，一些神经病变。另外皮肤可能会变得敏感，干燥，自觉瘙痒等情况。
盐酸伐昔洛韦可以在餐后服用，根据盐酸伐昔洛韦药代动力学数据，该药口服吸收迅速，几乎所有的药物都能被阿昔洛韦和缬氨酸吸收。这个转化的步骤是在人体的肝内进行的伐昔洛韦水解酶的水解，其可用性达到了54%，而且不会受到饮食的限制，也就是说，在服用之后，药物的效果不会受到任何的改变。少量病人在使用盐酸伐昔洛韦后会出现胃部不适、食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘等轻微的胃肠反应。餐后使用也能降低药物对胃肠的刺激性，降低药物的副作用。
