小儿疝气是先天性的，它是因为先天性的解剖结构鞘状突在出生以后没有闭塞，在腹股沟区遗留一个通道。
在腹压增加的诱发因素下，腹腔内、盆腔内的脏器比如说肠管、卵巢、子宫等通过这个通道由腹腔或者盆腔下降到腹股沟区或者阴囊内，形成一个质软的、可回纳的包块。小儿疝气往往不能自行愈合。保守治疗没有明显的效果，需要手术治疗。
天性胆总管囊肿的发病原因，尚存争议，十年来随着对本病形态学、胆汁酶学及动物实验研究的进展，对其病因有了更深入的了解，多数学者认为本病与先天性胆胰管合流异常、胆总管远端梗阻有关。治疗小儿先天性胆总管囊肿主要是采取手术方法进行相对应的治疗，同时要注意的是术后期间要适当服用抗生素和其他的滋补食物来进行必要的营养补充。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性的睾丸癌可以治疗缓解，睾丸肿瘤的治疗分为手术治疗、放射治疗和化学治疗以及综合治疗。一旦确定为睾丸肿瘤，均应先进行睾丸切除术，之后结合病理检查结果决定进一步治疗方案。先天性的睾丸癌也可能复发，术后注意预防。
癫痫病可以分为先天性和后天性的，先天性的癫痫病是通过遗传因素而来，这种几率比较小，更多的是因为后天的各种因素而诱发的癫痫病。治疗癫痫关键在于针对癫痫发病机制即受损脑神经元细胞靶向针对性治疗，激活受损脑神经元细胞，促进胞体新陈代谢加快，恢复胞体功能，平衡异常放电，来抑制癫痫发作。
