心脏射频消融术的风险有心肌的损伤，心肌穿孔，再就是损坏传导系统，引起三度房室传导阻滞等，心脏射频治疗是治疗各种严重顽固心律失常的一种有效方法，特别是对预激综合症，阵发性室上性心动过速的治疗，效果较好，可以达到恢复目的。
心脏射频消融术由于导管在心腔内操作，仍具有一定风险，但风险较低，严重并发症较少发生。心脏射频消融术较严重并发症为心脏压塞、三度房室传导阻滞以及左心房食管瘘。
该手术具有创伤小，恢复快，成功率高等特点，是一种介入治疗的有效手段。尤其是对于预激综合征、阵发性室上性心动过速、室早搏、特发性室速等有较好疗效。
心脏射频消融术的后遗症有，血管穿刺的并发症，包括局部出血、血肿形成、穿刺部位的感染、气胸、血栓形成、栓塞等。管操作的并发症，包括主动脉瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等。放电消融的并发症，包括房室传导阻滞、心肌梗死等。进行心脏射频消融术以后，还是有一定的复发可能。
心脏射频消融术是一种电手术干燥效应的电流，以高频低功率双极方式释放，在局部组织产生阻抗性的热效应，使心肌细胞内的水分蒸发、干燥，形成范围小、边界清楚的圆形或者是卵圆形的凝固性坏死，不破坏周围正常组织，无气泡形成，也无血细胞的破坏。
心脏射频消融术的后遗症包括伤口内出血、伤口疼痛以及结节内细胞坏死后导致吸收热，或者继发细菌感染后形成脓肿。如果有脓肿形成，可能需要穿刺引流，同时也需要抗感染治疗。
心脏射频消融术后，如果是穿刺股静脉，那么需要在床上休息12个小时之后才能下床活动。如果是穿刺股动脉，那么需要卧床休息24个小时才能下床活动，卧床期间上肢是可以活动的，下肢穿刺部位是不可以活动的，并且下床后一周之内是不能进行剧烈运动的。股静动脉是相对比较大的血管，容易出现出血以及水肿的情况，所以术后卧床期间必须在床上大小便，以防出血。
