卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
一般情况下，少量吃避孕药通过不会导致患者发胖，但过多吃避孕药，可能会导致发胖。具体内容如下：
少量的避孕药一般是不会影响患者体重的，因此，如果患者少量吃避孕药，通常不会发胖。但是如果患者过多吃避孕药，可能会导致身体过多吸收药物中的雌激素和孕激素，从而导致体内水钠滞留，出现体重增加、发胖的情况大量的避孕药对患者的身体有不利影响，建议患者如果有避孕需求，可更换避孕措施，比如使用避孕套。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
