如果儿童半夜发烧39摄氏度，可以遵医嘱给其服用退热药物，还可以给其进行物理降温。
儿童神经系统发育不健全，如果儿童半夜发烧39摄氏度，这是比较严重的，可给予退热药物进行治疗，如对乙酰氨基酚、布洛芬等，但需要在医生的指导下进行。在服用相关药物后，家长需要对儿童进行物理降温，如给儿童贴退热贴，用温水把毛巾打湿，给儿童擦身子，这样有利于降温。
儿童半夜发烧一般可以通过日常护理、药物治疗等方式缓解症状，通常没有最有效的说法，具体内容如下：
1.日常护理：儿童半夜发烧如果症状较轻，需要注意饮食健康，不吃生冷刺激的食物，保持饮食清淡，可适量地饮水，避免水电解质紊乱，还可通过擦拭身体的方式进行退热治疗。
2.药物治疗：但如果症状较为严重，还伴随有头晕、咳嗽等症状，家长可在医生指导下给儿童使用头孢克肟、阿莫西林、布洛芬等药物，进行抗炎杀菌处理，避免病情加重，能够有效地缓解症状。
通风散热，但是那一定要多注意通风散热，而且衣服不能穿得过于紧，也不能用被子裹住孩子，尤其是在夏季的时候可以使用空调，但是温度要控制在27度左右才行。另外要注意给孩子多进行补水，也可以给孩子喝一些果汁，比如西瓜汁，就是非常不错的。
小孩半夜低热时可采取物理降温退热处理。一旦达到38.5度以上，需口服退烧药退热治疗，如果体温反复升高，需要结合临床表现，血常规，C反应蛋白等检查综合判断病因。孩子出现发热症状，多与感染因素有关，需引起重视。
儿童发烧采用冷敷和拭浴的方法，使患儿尽快降温。可用冷湿毛巾敷额，好可用不漏水的塑料袋盛冰块外裹干毛巾敷头、颈。若加敷腋窝和腹股沟则效果更好。可将75%酒精兑水一倍稀释，用小毛巾蘸湿擦抹头、颈、腋窝、胸背和四肢。
