巧克力囊肿手术后可食鸡蛋、鱼类、瘦肉、香菇等。生冷或偏寒性食物尽量少食用：如螃蟹、田螺、甲鱼等。肥厚油腻等肉品尽量少食用。可食用大枣、桂圆等益气养血的水果；多食新鲜蔬菜，黑米，干果类食物；谷类、薯类，豆类等可作为主食。
巧克力囊肿手术后可以吃苹果，香蕉，橙子，桂圆等。手术后要加强营养．在饮食上注意多进食优质蛋白，如豆类，奶类，进食维生素丰富食物，如新鲜蔬菜，水果，及含铁丰富的食物，以补充造血原料等易消化的食物，只是不能够吃辛辣、刺激、生冷食物。
通常情况下，需要根据囊肿的严重程度来确定怀孕时间。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成的，如果病情不严重，手术后一个月复查，身体恢复正常，来过1-2次月经可以怀孕。
如果病情较严重，术后可能会使用药物继续保守治疗，如GnRHa针，可预防巧克力囊肿再次复发，也可以让卵巢充分的时间休息，用药过程大约3-6个月，等待停药后月经恢复正常后怀孕，受孕率更高。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，每个月卵巢异位灶反复出血引起囊肿，并且引起盆腔粘连。容易导致输卵管粘连，引起不孕症。手术后一般要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。
巧克力囊肿手术之后，建议如果是腹腔镜手术，建议在一个半月之后同房，如果是开腹手术，需要是两个月再有性生活。由于巧克力囊肿具有复发性，所以术后要继续给予用药治疗。