碱性磷酸酶偏低的危害有常见于重症型慢性肾炎，甲状腺功能不全者。营养不良、呆小症。维生素C缺乏症坏血病、乳糜泻、恶病质、贫血。遗传性低磷酸酶血症。碱性磷酸酶是广泛分布于人体各脏器器官中，其中以肝脏里存在的多，其次为肾脏，骨骼、肠和胎盘等组织。
碱性磷酸酶升高不一定是病理性的，也有可能是生理性的，比如在剧烈运动之后可能会出现碱性磷酸酶升高的情况，在儿童时期骨骼的快速发育也会导致碱性磷酸酶升高。通常不需要进行特殊治疗，一般经过一段时间的休息之后可以恢复。在平时可以多吃含钙比较高的食物，比如豆制品、牛奶、海鲜等。如果是病理性引起的，多数是由于肝胆系统的疾病，需要及时到正规的医院进行相应的检查明确病因，尽早进行专业治疗，以防病情恶化。
骨源性碱性磷酸酶，即为NBAP，骨碱性磷酸酶是成骨细胞的表型标志物之一，可直接反映成骨细胞的活性或功能状况。近年主要用于小儿佝偻病早期诊断和亚临床鉴别的特异性参考指标，也是目前用于评估人体骨矿化障碍的最佳指标。
碱性磷酸酶含量偏高可能是肝功能有损伤，有生理性升高和病理性升高，生理性增高可能是过量进食高脂肪食物，病理性升高多见于佝偻病、软骨病、还有肝胆类病症如肝癌、肝炎肝硬化等。
碱性磷酸酶偏低是由于肾炎、身体营养不良或者是维生素D的缺乏、甲状腺功能不全或者是贫血这些疾病都会引起。碱性磷酸酶值稍微低并不会影响人体自身的健康。但如果是疾病引起的碱性磷酸酶偏低，就会对身体产生较大的影响，还是需要去做相关的检查，找出原发疾病对症治疗的。
可以吃一些钙片，骨源性碱性磷酸酶是由骨质中分泌出来的。骨碱性磷酸酶数值的高低是检查有无钙吸收不足的标志。近年来主要用于小儿佝偻病的早期诊断。的正常值是：小于或等于200U/L。数值越高，证明缺钙越严重。