少数人可能出现发热，不适，寒战，出汗，肌痛，关节疼痛恶心，呕吐，腹痛，腹泻等不良反应.以上反应，通常在1-2天内自行消失，一般不需特殊处理，如果体温太高，就得给孩子口服退烧药物观察看看，如果持续高烧不退就得到医院做个相关检查，查下血常规，明确病因再对症治疗。先别给孩子吃鸡蛋鱼类的食物。多喝水，避免剧烈运动。
全身不良反应:常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心;偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常(活动减少/增多)口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷。三岁以下的孩子不能打甲流疫苗。
以下人员不适合接种甲流疫苗：对鸡蛋或疫苗中任何其他成分（包括辅料、相关药物、裂解液等），特别是卵清蛋白过敏者；患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发病期、感冒和发热者；格林巴利综合症病人；未控制的癫痫和患其他进行性神经系统疾病者；严重过敏体质者，对相关药物过敏者；年龄小于3岁者。以上6个人群，医生认为不适合接种甲流疫苗。
如果小儿处在发热等身体欠佳的状态下，暂时不要接种这种疫苗。等身体完全康复后才可以接种这种疫苗，一定要在接种后注意观察，出现什么状况，有时候还会发出现发热的情况。
甲型H1N1流感疫苗的禁忌证为患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期，甲流疫苗和乙肝之间没有关联只要肝功和DAN正常稳定，是可以打甲流疫苗的，但是如果乙肝病毒携带者处于急性发作期或者程度较严重则应禁止接种，体内虽然有病毒，但是并没有损伤自身的肝脏细胞，所以也是和病毒，属于和平共处的，接种的甲流疫苗，也仅仅是预防同价效的甲型流感病毒。
打了甲流疫苗，可以在24小时后再洗澡。因为打疫苗后容易出现发热的情况，24小时后如果体温不高，就可以洗澡了。一定要注意休息，避免过度劳累，避免辛辣刺激的，饮食鸡蛋鱼类食物先别吃。密切监测体温的变化。
