首先进行麻醉，其次，麻醉以后经尿道插入输尿管硬镜，然后在输尿管内放入一根导丝，顺着导丝放入输尿管外鞘。再将输尿管软镜放入外鞘内进行检查，找到结石，并用激光将结石击碎。
手术后4-6个小时就可以开始吃流质或者半流质的饮食，一般手术后次日就可以正常饮食在次日可以正常的下床活动。根据恢复的情况不同，一般手术后一到两天就可以出院。因为绝大多数输尿管镜碎石主要是碎石而不是取石，所以很多人手术后有残留的结石需要通过，患者通过饮水和适当活动，以及排斥的药物促进结石的排出。
输尿管镜碎石术，是利用一条直径3mm左右的细镜，经过尿道、膀胱插入输尿管，将输尿管结石或肾脏结石击碎取出。利用人体天然的泌尿系统腔道，不在身体上做任何切口，是一种纯粹的泌尿外科腔镜微创手术。
输尿管软镜碎石术的并发症有输尿管损伤及术后继发感染，包括术中输尿管脱套，也称输尿管断裂、穿孔、出血等，较严重，一旦发生需紧急行术中输尿管再吻合，吻合后也可能出现输尿管狭窄，引起肾积水等。穿孔时可留置输尿管支架，使输尿管自行愈合。
输尿管软镜是治疗肾结石以及输尿管上段结石重要的手术方式，输尿管软镜手术一般需要预先放置双J管1-2周，具体手术步骤，麻醉生效后摆膀胱截石位，输尿管硬镜直视下进入膀胱，拔出预先留置的双J管，输尿管内放置斑马导丝，退出硬镜。在导丝引导下放入输尿管软镜鞘至肾盂，拔出鞘芯，通过外鞘放入输尿管软镜至肾盂，探查肾脏各盏，找到结石后用钬激光碎石，退出软镜以及外鞘，放置双J管，保留导尿，手术结束。
输尿管软镜碎石术的后遗症，输尿管损伤，包括术中输尿管脱套，也称输尿管断裂、穿孔、出血等，较严重，一旦发生需紧急行术中输尿管再吻合，吻合后也可能出现输尿管狭窄，引起肾积水等。穿孔时可留置输尿管支架，使输尿管自行愈合。术后继发感染，如脓毒血症，可出现感染性休克，需积极行抗感染治疗。
