一般来说生殖器检查主要是外观检查，然后就是B超检查，另外就是精液和前列腺液检查，看是否有包皮过长，包皮过长容易引起龟头炎，B超检查，看是否有前列腺肥大，精液常规，看是否有精囊炎，精子活动力，另外前列腺液检查是检查前列腺炎的。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
男性生殖器检查属于男科查体的最基本的检查，通过简单的查体能够直观的观察到阴茎、睾丸、阴囊等器官的发育情况。它的意义在于能够最直观最简单地发现一些比较明显的症状。
男性生殖器检查主要是依次对阴茎、阴囊、前列腺及精囊作仔细的检查。阴茎的大小、位置、形态、包皮、尿道的开口等应予以注意。病态的阴茎过小、阴茎和阴囊的位置倒置、阴茎的严重弯曲、包茎、尿道开口的移动也是重要检查内容。
泌尿外科进行检查，男性生殖器健康检查的项目比较多，可以做阴囊彩超检查来评估睾丸、附睾、精索是否正常，也可以做精液常规检查来评估精子的活力，也可以做前列腺液检查来评估是否有前列腺炎，可以观察前列腺的彩超、精囊的彩超检查。
