肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
右侧肾囊肿会引起腰疼。比较小的囊肿在检查时容易发现，极少数可能会因为囊肿破裂出现肉眼血尿、尿常规检查有潜血等表现，任何症状的，都可以不用做任何的处理，定期做彩超复查，随访观察即可。
肾囊肿是否会引起腰疼，要看囊肿的部位、大小和数量。囊肿直径小于五厘米的情况不会有任何感觉和不适。若囊肿直径比较大，会产生疼痛，如是合并感染，会因为感染出现发热胀痛的情况。
肾结石和肾囊肿是两种不同的病，是否会引起血尿需要根据病情的严重程度来判断。
两者的发展和肾中央的位置不同，肾结石位于肾盂内，而肾囊肿则在肾本质内，不在排泄体系内。肾结石一般会导致血尿，也可能是肉眼血尿，其具体的程度取决于患者的身体状态，例如混合性的炎性血尿。囊肿通常不会出现血尿，如果囊肿与肾盂肾盏相连，那么就会出现血尿，不过大部分时候都不会出现血尿。而另一种是先天性多囊肾，其内部存在着许多的囊肿，破裂进入肾盂和肾盏时会出现血尿。
一般情况下，肾结石引起的炎症不会造成肾囊肿。具体分析如下：
通常来讲，肾结石引起炎症后，形成的临床后果以肾积水为主。而肾积水和肾囊肿存在明显区别。泌尿系统的梗阻、狭窄、畸形等是造成肾积水的主要原因，使肾脏产生的尿液不能够通过输尿管排出体外。而肾囊肿主要是由于肾实质所分泌的液体不能够被及时的吸收，在肾实质的局部形成潴留造成的。对于这两种不同病症，其治疗方式和治疗策略也会有明显区别。
