去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿要手术治疗。巧克力囊肿地看看大小，如果巧克力囊肿特别大，并且症状很明显，短时间内未曾生育，必须马上手术，因为巧克力囊肿影响生育的。要是痛经不是很明显，短时间内没有生育要求，也可以用药物来治疗。巧克力囊肿最根本的治疗方法还是手术会更好一些。手术采用腹腔镜手术，效果很好。术后打针阻断内膜异位症的复发，阻断巧克力囊肿复发可以用一些药。所以，治疗巧克力囊肿的方法就是手术治疗。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
