通过脊柱的磁共振可以做出诊断，在治疗上主要以手术治疗为主，骶尾部的疼痛，会阴部的烧灼感，麻木，大小便障碍的则可以通过手术切除囊肿。没有临床症状的可以随访观察。
中医治疗肾囊肿的方法主要以微化中药渗透疗法，使囊内液体不断减少，直至不分泌。还可以采用囊肿去顶减压手术治疗，手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，延缓疾病的发展。生活中注意不吃过咸，过辣，刺激的食物。
巧克力囊肿手术的复发率较高，因囊肿与周围组织粘连紧密，手术中囊肿一旦破裂，囊液外流，到其它部位种植，引起复发。如果以后有复发，就不要再采取手术治疗，其实现在巧克力囊肿囊肿的治疗应该首选介入治疗，因此种方法治疗巧克力囊肿明显高于手术，且不会造成复发，是治疗巧克力囊肿方法，手术后没什么药物治疗措施，目前只能先观察，如果有复发，再考虑采取何种治疗方法。
巧克力囊肿可多吃些玉米等的五谷杂粮，提倡多样化饮食，平时可以多吃些芝麻、花生、瓜子等，维持营养所需，应该坚持低脂肪饮食，多吃瘦肉、鸡蛋、绿色蔬菜、海带、香菇以及新鲜水果等。
子宫宫颈囊肿要看是宫颈纳氏囊肿还是宫颈口囊肿，如果是宫颈纳氏囊肿，主要是宫颈炎的一种，可以一年查一次宫颈TCT，如果都正常，可以不要治疗，一年复查一次就可以了，如果是宫颈口囊肿就要做物理治疗切除，要确诊。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。其中，卵巢巧克力囊肿又占80％左右。卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50％以上的病人会累及双侧卵巢。随着病情的发展，病人可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。
