碘131具有较强的放射性，会破坏甲状腺组织细胞。碘131还有可能造成患者出现粒细胞减少，咽喉痛，抵抗力下降等症状，要谨慎的选择治疗方式，应该要尽量的减少疾病对于身体的影响。
碘治疗后常见的短期（1-15天）副作用包括：乏力、颈部肿胀、咽部不适、口干、味觉改变、鼻泪管堵塞、上腹部不适或恶心，以及泌尿道的损伤等。晚期并发症主要是甲状腺功能减低，131碘治疗后引起的一过性甲低，症状较轻，经6~9个月可自行消失。另一种是永久性甲低，需要终身服用替代药物治疗。
甲状腺内储存的激素足够维持1-2个月，所以碘131治疗后短期内，甲状腺内储存的激素释放入血，出现甲亢症状的加重，随着储存激素的耗尽，甲亢症状逐渐好转。碘131治疗甲亢见效的时间大概1月。半年后，如甲亢没有治好，可以再次行碘131治疗。
病情控制平稳以后再怀孕。如果甲亢期间怀孕，容易引起早产、流产，胎儿皮肤发育不全。注意低碘饮食，在血常规和肝功能正常的情况下可以口服抗甲状腺药物，尽量怀孕前12周不要口服抗甲状腺药物。
甲亢碘131治疗后，注意禁止吃海鲜类食品至少1个月，禁用碘酒2周。一周内不揉搓按摩甲状腺部位。此类患者可食富含蛋白及维生素类食品除海鲜外，如肉、蛋、奶、新鲜蔬菜等。建议避免或少用咖啡、酒精等兴奋类饮料1个月。建议甲亢突眼患者戒烟或尽量减少抽烟。
用碘131治疗甲亢需要注意服131碘两小时后才能进食。用药后应注意休息，避免过度劳累、情绪激动，以免诱发甲亢危象。一个月内禁服含碘药物、禁食各类海鲜食品，以免降低治疗效果。
