乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
当然是灭活疫苗好，灭活疫苗是病毒失去活性的疫苗，没有任何传染性，接种安全，而减毒疫苗是经过人式培养，毒性减低的疫苗，有些人接种后会有发病的危险。两种疫苗的抗原性是相同的，产生的抗体也一样。
孩子注射疫苗出现发烧是属于正常的疫苗反应，是属于一过性的反应，应该给孩子多喝水，如果体温在38.5以上，可以选择对乙酰氨基酚肛门栓剂退烧治疗，同时服用一些生姜红糖水，或者是用温水擦拭手心，脚心等部位，促进新陈代谢，两个小时之后就会逐渐恢复正常。注射预防针后出现发烧是很常见的现象，不属于疫苗的不良反应。如果体温超过38.5度，需要给婴儿服用退热药；如果体温未超过38.5度，可以采用物理降温的方式；千万不要使用抗生素。疫苗接种后的发热一般不超过48小时。
乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑疫苗的注射用减毒疫苗比较好。乙脑病毒是一种因为脑炎引起的脑损伤，也可能会通过蚊子或者家禽进行传染，必须及时的注射疫苗，以防体内没有抗体，造成感染。国内主要注射的就是减毒疫苗，减毒的成本比较低，价格很便宜，而且免疫的效果也是很好的。
