去除诱发因素，如精神刺激、紧张、过劳、浓茶、咖啡等。改善环境，减少刺激；平时要培养合理健康的饮食习惯，平衡营养膳食；尽量多进行一些户外活动，多参加体育锻；培养良好的生活习惯。早睡早起，生活要有规律。自我调整心态、放松精神。要保持良好情绪，良好的情绪有利于神经系统与各器官、系统的协调统一，使机体的生理代谢处于比较好状态。症状严重时，可进行专业心理干预治疗，提高自己的心理应对能力。
一般情况下，肠道功能紊乱的治疗方法有药物治疗、生活护理来改善，具体内容如下：
出现腹胀、便秘、腹痛、腹泻、呕吐、恶心、反酸等情况时，可以使用胃肠的动力性药物，如莫沙必利、多潘立酮等，促进胃肠的运动。口服甲氧氯普胺能起到一定的抑制肠道蠕动的作用，如果出现严重的腹泻症状，可以口服药用次碳酸铋、黄连素片等。还可以调整肠道菌群，例如地衣芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸菌素片等。
可以口服维生素类药物改善症状，也可以通过口服养心安神类药物治疗，同时可以结合针灸、推拿等中医治疗方法，也可以经常喝点百合茶或者听轻音乐，有利于放松心情，缓解神经症状，也可以考虑让心理咨询师进行心理干预治疗。平时注意规律作息，避免受凉、疲劳的情况。
肠神经疾病会导致腹泻、便秘，同时还会出现一些胃肠症状。所以在治疗上要注意调整自己的情绪。如果出现腹痛，可以服用匹维溴铵等解痉药，如果出现腹泻，可以口服蒙脱石散，也可以服用番泻叶。
此外，还可以通过中医汤剂来调理内脏功能，减轻或消除病症。对于腹泻的病人，可以通过禁食来控制病情，但是不要加入新的食物，避免食用肥甘厚味的食物，要注意清淡、容易消化的食物。
去除诱发因素如精神刺激、紧张、过劳、浓茶、咖啡等，均可诱发与加重心脏神经功能症状，应注意避免。体育锻炼，这也是治疗功能性疾病的有效处方。体育运动不仅能调节和改善大脑的兴奋与抑制过程，调整大脑功能，延缓大脑老化。精神心理治疗。
保守治疗：适用于早期、病情轻微的患者，通过调整精神、免疫因素，避免偏侧咀嚼，配合理疗、红外线、封闭治疗，多数患者病情可得到改善；治疗费用相对较低。手术治疗：关节结构已发生破坏时，多采用手术治疗方案，费用相对较高。
