应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
月经期间辛辣食物，可能会导致女性盆腔内的血液循环出现紧缩，从而出现痛经、月经量减少等症状。如果时间久了会出现月经不规律的情况。女性在经期辛辣食物也会导致女性出现月经量增加的情况。月经期间可以多食用鸡蛋、牛奶、牛羊肉、菠菜等富含营养物质的食品，多食用一些能增加维生素的蔬菜。
患者要注意适量补充营养，尽量避免生冷、辛辣刺激性食物，如麻辣火锅、雪糕、酒等；应注意保持外阴清洁，注意保暖，避免着凉，以免引发感冒或其它疾病。
如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
辛辣温燥之食，可助内热，而使产妇上火，引起口舌生疮，大便秘结，或痔疮发作，吃辛辣刺激可以使母体内热，给宝宝授乳的妈妈有内热能够通过乳汁影响婴儿，使宝宝体内也生热。
