骨囊肿的临床症状很少见，往往是很久以前就有了，病人没有注意到。骨囊肿在发生病理性骨折后，常会出现局部疼痛、运动受限等症状。骨囊肿是一种类似骨肿瘤的变化，但大多是良性的，多见于儿童和青少年，最常见的是长管骨。骨囊肿的局部疼痛是可以早期发现的。在皮肤表面，也有凸出的肿瘤或者骨头。x光显示，中央为椭圆状透亮区，与正常骨有较大的分界。骨囊肿要进行手术切除，彻底根治，同时还要进行适当的治疗和运动。
股骨囊肿如果比较小，大部分情况下一般不会有什么明显的症状的，需要进行定期复查就可以了，每3到六个月复查一次，如果囊肿逐渐增大，会引起股部的地方局部的钝痛。长时间的行走或者负重的时候疼痛加重，同时伴有局部的活动受限。如果引起了局部疼痛的症状，是需要进行手术治疗。
骨囊肿有很多种，绝大部分骨囊肿是良性的，一般没有任何临床表现。如果囊肿小的话，没有任何表现，如果囊肿长大了，可以发生骨骼膨胀变形。再就是机械力度下降，在受力的时候、剧烈运动的时候、负重的时候会感觉患部的疼痛。
甲状软骨囊肿是甲状腺常见的囊样病变，较小甲状软骨囊肿多无明显临床症状。但甲状软骨囊肿患者存在甲状腺功能异常，可能伴有焦虑、躁动、易怒等甲状功能亢进症状，以及乏力、精神萎靡、萎靡、下肢肿胀等甲状腺功能减退症状。
通常体积在4厘米以上的甲状软骨囊肿有明显的压迫症状，患者呼吸困难、吞咽困难。大囊肿受喉返神经压迫时，出现声嘶等相关症状。
单房性骨囊肿主要有疼痛、病理性骨折、步态异常等症状。
1、疼痛：单房性骨囊肿患者疲劳后会有轻微的疼痛，病灶位于皮肤表面，可以感觉到骨头的凸起，有些病人会感觉到压迫。
2、病理性骨折：单房性骨囊肿的骨折部位疼痛，不能正常活动。
3、步态异常：生长在关节附近的单房性骨囊肿，可影响关节活动度，长在跟骨的单房性骨囊肿患者则可能会出现疼痛，步态异常，甚至不能行走。
孩子有甲状腺囊肿。其主要表现为颈部上方和中部的小肿块，随着舌头的扩张，肿块会逐渐增大和上下移动。在正常下，不会长得很大，也不会有压迫的症状。如果感染破裂，就会形成甲状腺舌骨渗漏。这孩子稍大一点，可以通过手术治疗。
