患者及家人可自行操作。包括外用0.5%鬼臼毒素酊（或0.15%鬼臼毒素乳膏）、5%咪喹莫特乳膏、5%氟尿嘧啶乳膏及中药等。
选择外用药物进行治疗时，应注意局部不良反应。副作用可有瘙痒、灼痛、红斑、糜烂等。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确立，故妊娠妇女忌用。
肺炎衣原体感染引起的肺感染，与支原体卡他莫拉菌、嗜血杆菌、军团菌感染的处理方式一致。
红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等是临床上常用的大环内酯类药物，根据肺炎衣原体感染的轻重，可以通过口服和静脉给药。
肺炎衣原体感染一般不会出现严重的全身炎症反应，主要表现为高热、白细胞增多、C反应蛋白升高。
由于患者个人体质差异和病情情况，疣体用什么药最好需根据实际情况来判断。
因为常见的是寻常疣、扁平疣、跖疣、尖锐湿疣、疣状表皮生长不良等，可在医生指导下使用维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、酞丁胺霜、咪喹莫特乳膏等。但效果因人而异，并无最佳效果的说法。
衣原体用喹诺酮类、大环内酯类、四环素类等消炎药。
衣原体没有细胞壁的结构，因此不能应用头孢菌素和青霉素。当出现支原体和衣原体感染时，通常会用到喹诺酮类抗生素。其次可以在医生的指导下口服大环内酯类的抗生素，也可以口服四环素类的抗生素。在感染支原体和衣原体后，要及早进行治疗。另外，中医的调理效果更好。
长有疣体的患者，可遵医嘱选用维A酸类，抗病毒类等药物治疗。
1、维A酸类：常用有维A酸乳膏等、他扎罗汀的乳膏，主要通过调控角质细胞的分化、抗增殖并起作用。
2、抗病毒类：含重组人干扰素α2b软膏等、盐酸左旋咪唑搽剂、鬼臼毒素酊等，主要通过对病毒复制的抑制作用来实现。
