腱鞘囊肿部分可以自愈，有一部分严重的不能自愈。
肌腱囊肿与腕部的过度疲劳、或是长期患有关节炎等相关的病症有关，其中腱鞘囊肿与其它的病症相比具有自我修复的趋势，一些不需要进行有效的处理就会自行消失。腱鞘囊肿并不是特别的严重，可以通过推拿来减轻肿痛。如果病情加重，并且腱鞘囊肿过大后很难恢复，并且会造成更大的损伤。
因此，如果是不能自行消失的腱鞘囊肿，可以通过针灸和外科的方式来进行，而外科治疗通常是用于针灸来解决无效的。
典型表现为腕部、足背部等局部皮下圆形或椭圆形囊性肿物，一般无痛。是可以进行挤压的，可以自己轻轻按摩囊肿，但避免暴力挤压或用重物敲击囊肿。腱鞘囊肿的发生可能与局部损伤或劳损有关。腱鞘囊肿一般不会有明显的表现，只要多注意休息和观察即可。
但是随着腱鞘囊肿的增大，出现了相应的神经、血管等症状，要及时的进行治疗，可以采取穿刺抽吸-药物注射法、手术治疗、关节镜治疗等方式进行治疗，以免损害机体的健康。
肌腱鞘囊肿术后，在工作中要注意用手的动作，术后3-4个星期以后，可以用手指进行活动。
腱鞘囊肿保守疗法无效，建议做外科手术，术后2个多月即可完全康复，术后要注意伤口的清洁和干燥，注意换药，不要接触到水分，以免引起细菌的化脓感染，治疗期间患者要注意保证充足的睡眠时间，养成良好的生活习惯，同时要定期前往医院进行复查，有助于病情的恢复。
腱鞘囊肿可以通过烤电来进行改善，但是只能起到缓解作用。
烤电主要是为了加快血管内的血液流通，加快囊液的吸收，但对于肌腱鞘囊肿，则只能略减轻症状。所以如果囊肿很大，对周边组织造成很大的压力，需要用针筒进行抽吸术，也可以通过外科切除囊。厅要适当注意休息，病情严重者更要卧床休息，散步的时候，应当注意配合深呼吸，避免受凉。
腱鞘囊肿采用手法挤压，可以采用以下方法：一是用大拇指按压，将腱鞘囊肿固定。第二个动作是用另一只大拇指，把它按到对面的大拇指上。在这个过程中，一旦被挤压，就会有一种力不从心的感觉。术后，肌腱鞘囊肿会逐渐消失。
患者还要注意的是，在腱鞘囊肿被挤压后，还要加强局部的清洁卫生，避免出现感染的情况，必要时，需要遵医嘱口服阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等药物。
