巩膜色素痣可以通过激光治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1、激光治疗：巩膜色素痣一般不会对眼睛造成任何影响，可能与先天发育异常、黑色素沉积等原因有关，基本不会有明显的临床症状。如果影响到美观，患者可以在医生的指导下采取激光治疗的方式进行处理。激光的巨大能量可以将色素击碎、分解，进而有效实现祛痣的目的。
2、手术治疗：如果巩膜色素痣的面积较大或者不符合激光治疗的适应症，患者也可以在医生的指导下通过手术切除的方式进行治疗。
建议巩膜色素痣的患者及时就医，通过检查明确具体的情况后，结合自身实际，在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。
痣和色素痣大多数形状会有所区别，多数为良性病变。
痣通常会导致皮肤出现椭圆形或者圆形突出，并不会出现疼痛或者其他不良症状，可能随着时间推迟会导致局部椭圆形突出黑痣更加明显。色素痣属于是良性病变，一般会导致局部皮肤出现有黑色斑点，大小并不相同，多数皮肤表面比较光滑，并不会出现突出或是隆起症状，随着时间推迟可能会导致局部面积扩展。
痣和色素痣通常可以选择药水提取、液氮冷冻、外科手术切除等多种方式治疗。
可以采用激光治疗的方法。激光去除色素痣做法是首先用药物擦洗治疗部位，消毒，然后用激光作用于病变皮肤，传输的能量会在瞬间使组织里的水分气化，同时带走有色素的皮肤组织，而不伤及周围健康组织。但是如果面积较大的色素痣，而且颜色比较深，就需要采用植皮的治疗方法。
眼角长色素痣一般并不用治疗。
眼角有色素痣，一般是不影响眼睛的正常功能的，提出不需要治疗。色素痣如果影响了眼睛的正常功能，可以考虑是由于黑色素痣的面积很大，或者是有增大的迹象需要手术治疗，。另外，如果色素痣的体积太大，可以通过移植皮肤，或局部皮瓣来进行相应的处理。这样既能在术后达到更好的效果，又能在眼角术后保持更好的状态。
色素痣通常要做体格检查、组织活检等，具体分析如下：
1、体格检查：需要观察皮肤痣的颜色、范围、大小，以及有没有出血、溃破等情况，还要触诊痣的质地、硬度、活动度等。斑疹、丘疹，直径在6毫米以下，呈不规则的对称分布。另外，体检也能与其它疾病相区别。
2、组织活检：在色素痣切除术后，对组织切片检查，以确定是否存在恶性或有可能发生癌变，这对色素痣的诊断及鉴别诊断具有重要意义。
