根据肝囊肿的病因，可以适当选择中成药，比如桂枝茯苓散、六味地黄丸、补中益气丸。这些药物的选择应根据个体情况、根据四诊合参，来辨证施治。不能一味选用哪种药物或者能保证疗效，一定要个体化治疗。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
