膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
如果输尿管结石小于0.6个厘米，这个时候可以选择保守的疗法，比如说多喝水、多运动、配合一些药物的治疗，当这结石它的大小比较大的时候，或者说结石的形态不光滑，要选择另外的方法了，比如说体外碎石，或者微创手术的方法。
可以通过彩超检查判断膀胱结石的大小。如果膀胱结石比较小，有机会经过尿道排泄，可以辅助药物比如排石颗粒，另外就是多喝水，如果膀胱结石较大，可以考虑膀胱镜取石处理。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
可以吃一些具有清热解毒，利尿通淋作用的中药，对输尿管结石的治疗也是有一定帮助。输尿管结石单纯的使用中药治疗效果就不理想，这时候大部分病人需要进行手术治疗。