益生菌的副作用有免疫缺陷的患者服用后益生菌会变成病菌。对于益生菌过敏的人服用后会产生过敏反应。肠道菌群失调严重的病人服用后会出现短期的腹痛腹泻状况。但益生菌对80%的人服用后都没有什么副作用，还会促进肠道的加速蠕动。
益生菌粉对小孩有调理肠道的作用，可以缓和胃肠不适的症状。因为益生粉可以给人体带来大量的益生菌。同时益生粉还有提高人体吸收功能的作用，也就是可以促进营养吸收。如果长期服用，还有提高免疫力的作用。
一般情况下，益生菌有润肠通便、促进消化等作用与功效，具体内容如下：
1.润肠通便：益生菌广泛存在于患者的体内，有助于维系患者胃肠道的正常功能。而补充益生菌有助于促进患者胃肠道的蠕动，能起到润肠通便的作用，有助于促进大便排出。
2.促进消化：如果患者遵医嘱使用益生菌，通常能使各类菌群在患者体内达到一个平衡状态，从而促进患者消化，以改善腹痛、腹胀等消化不良症状。
益生菌的作用，是能够平衡肠道菌群，促进肠道的蠕动，同时可以预防改善腹泻和便秘的症状，同时能刺激肠道免疫机能，增强免疫力。说益生菌的副作用，就是不能长期的，过量的服用，因为很容易产生依赖症。
益生菌是肠道内的有益菌，能帮助维持肠道的正常功能，有促进营养吸收、刺激机体免疫系统、提高免疫力的作用，如果益生菌遭到破坏，数量减少，就会导致肠道的功能紊乱，出现腹泻、胃口差、对食物过敏、抵抗力下降、反复生病等问题，合生元益生菌能够更好地定殖于肠道，作用效果更好，也要优于普通益生菌。
