两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟胶囊和阿莫西林都属于一种消炎药物，阿莫西林属于青霉素类的，头孢克肟片是属于头孢类的药物，他们都是消炎药，但是不是一类药，治疗发烧感冒，头胞克肟效果好点。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
孢类抗生素和青霉素类抗生素是不同的，头孢不是青霉素，它们有很多相同点，都属于β-内酰胺类抗生素，都是作用于细菌菌体内的青霉素结合蛋白，抑制细菌细胞壁的合成，导致细菌裂解、自溶而死亡，对细胞壁已经形成的细菌没有作用，属于繁殖期杀菌剂。
孢类抗生素和青霉素类抗生素是不同的，头孢不是青霉素，它们有很多相同点，都属于β-内酰胺类抗生素，都是作用于细菌菌体内的青霉素结合蛋白，抑制细菌细胞壁的合成，导致细菌裂解、自溶而死亡，对细胞壁已经形成的细菌没有作用，属于繁殖期杀菌剂。
虽然青霉素、阿莫西林都是β-内酰胺类药物，但阿莫西林对青霉素过敏症的人来说，并不一定会出现过敏的。因此，服用阿莫西林的人，要注意心率、血压、脉搏、血氧饱和度、皮肤颜色等。如果有过敏反应，比如皮疹等，要及时到医院进行脱敏治疗，如果是轻微的过敏，可以服用扑尔敏等药物。严重的过敏可以使用静点如地塞米松，如果是中毒的，可以使用肾上腺素。如果阿莫西林没有引起过敏，那就说明他对青霉素有过敏，但是对阿莫西林没有过敏。
