两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
头孢克肟胶囊和阿莫西林都属于一种消炎药物，阿莫西林属于青霉素类的，头孢克肟片是属于头孢类的药物，他们都是消炎药，但是不是一类药，治疗发烧感冒，头胞克肟效果好点。
阿莫西林常口服于敏感所导致的病菌感染引起的泌尿系、呼吸道、肠道、胆道、皮肤软组织等中度和重度的感染，头孢拉定的主要功效是，可用于敏感致病菌引起的上呼吸道、下呼吸道、胃肠道、泌尿系、皮肤软组织等中度重度的感染。
孢类抗生素和青霉素类抗生素是不同的，头孢不是青霉素，它们有很多相同点，都属于β-内酰胺类抗生素，都是作用于细菌菌体内的青霉素结合蛋白，抑制细菌细胞壁的合成，导致细菌裂解、自溶而死亡，对细胞壁已经形成的细菌没有作用，属于繁殖期杀菌剂。
孢类抗生素和青霉素类抗生素是不同的，头孢不是青霉素，它们有很多相同点，都属于β-内酰胺类抗生素，都是作用于细菌菌体内的青霉素结合蛋白，抑制细菌细胞壁的合成，导致细菌裂解、自溶而死亡，对细胞壁已经形成的细菌没有作用，属于繁殖期杀菌剂。
