沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
儿童沙眼的药物治疗必须谨慎。具体原因应明确界定，因为沙眼有诱发因素，有必要弄清楚是不良的生活环境还是身体虚弱引起的病理变化。尽量避免这些原因，是比较容易治好的，用药量根据儿童的身体状况而定。避免诱发因素的再次发生和复发。平时注意保持眼部环境清洁，不要用不干净的东西擦眼睛。
沙眼衣原体的临床表现主要有两种：一是局部给药，二是系统给药。
可以选择的还有司帕沙星、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、四环素等。需要根据病情、药物敏感试验来选用药物。病人和他们的性伙伴应该在他们的治疗结束以前避免性行为，以免交叉感染。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
沙眼，一般的起病比较缓慢，所以临床症状的轻重不等，早期的时候可能没有自觉症状，只是觉得有轻微的异物感，以为自己尘沙进入眼睛后引起的不舒服。沙眼在小孩子当中是最常见的，是一种传染性眼疾，可导致眼部不适，严重的还可导致视力受影响，治疗不及时危害是十分大的，因此对于小孩沙眼的症状家长要注意了解，以便能及时发现病情，及时进行治疗，避免带来危重影响。
如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。
