肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。
引起肾结石的原因很多，最常见的是由于饮食的原因，包括喜欢吃些豆制品，动物内脏，海鲜，喝水比较少，排尿比较少，都容易引起结石，尿路感染反复也容易引起结石。出现肾结石不要太紧张焦虑，小1cm的结石可以通过口服相关药物，促进结石得排出。
一般情况下，影响结石形成的因素有很多，年龄、性别、种族、遗传、环境、饮食习惯、职业等因素，以及代谢异常、尿路梗阻感染、异物、药物等因素都会导致结石形成。重视并解决这些问题，可以减少结石的形成和复发。还有就是形成尿结石的物质，比如痛风患者尿酸排出增多，就会形成尿酸结石。尿量减少会增加盐、有机物质浓度，也容易形成结石。
导致结石疾病发生的因素有许多，比如一些药物，常见的有口服避孕药，雌激素等，还有长期不吃早餐，饮食不当，喜欢甜食，爱静不爱动，或者一些炎症疾病等都会引起结石疾病的发生。有了结石也不用紧张，一般小的结石只要保持良好的生活习惯，多饮水就可以排出体外。
结石的形成主要是和异物的刺激以及局部的炎症而引起，在治疗上首先需要看是哪个位置的结石，如果是胆囊结石，经常反复引起胆道炎症，可以做胆囊切除手术治疗。如果是泌尿系统形成的结石，可以做碎石手术。
