新生儿在打完卡介苗后一般会出现发热和注射部位的皮肤红肿的不良反应，小部分新生儿有对疫苗过敏，可能会出现皮疹。如果体温不高，家长不要担心，加强护理和喂奶充分，体温会自行恢复。如果皮疹是散在出现的，也不需做任何处理，过几天就会自行减退。
接种以后2-3周局部出现小硬结，逐渐软化，形成小脓疱或者是形成脓肿，穿破皮肤形成浅溃疡，直径不超过0.5cm，然后结痂。痂皮脱落后，可以留下永久的疤痕，通常接种后100天左右去复检。
因为这时候也是按照正常疫苗的接种程序来的，可以产生和出生时注射乙肝疫苗一样的免疫效果。小宝宝出生的时候属于低体重儿，这时候是不能勉强打疫苗的等小宝宝一个月后，小宝宝长得大了一些，这时候开始打疫苗，完全没有什么影响的。
此药物的不良反应会有轻度头晕，乏力，恶心，上腹不适，口干，食欲缺乏和皮疹等。长期服用会导致肝，肾损害和对药物的依赖性。少数孩子服用本品后还可引起粒细胞缺乏症，高铁血红蛋白血症、过敏性皮炎，血小板减少症，厌食，恶心等不良反应。尤其是肾功能低下者，可出现肾绞痛和急性肾功能衰竭或慢性肾功能衰竭。
有些地方新生儿出生第一针乙肝疫苗要在24小时内注射，一般小宝宝一出生，医院的护士就会抱去打此类针的。也有的是在24小时到2个月内，在当地疾病预防控制中心或社区卫生服务站，进行接种。
接种卡介苗很少有副作用的，但如果有呕吐症状一定要马上停药，皮内注射和划伤后三周左右会出现局部红肿，偶尔会有一些疼痛，但是宝宝不会发热，有时局部会有脓包，一般过了四个星期就会结痂消失，但是也有一些宝宝是因为身体的原因，反应时间比较长，所以家长也不用太过于担心。
接种卡介苗后，可能会导致接种点周围的淋巴结肿大，主要表现为腋下淋巴结肿大，这是很常见的现象，当疫苗接种的地方愈合后，淋巴结肿大会自动消失，如果出现严重的副作用，可以及时就医。
