如果肝脏疼痛是由于多囊肝导致的，特别是肝脏的囊肿导致肝脏损伤引起的。就需要考虑给予手术治疗。需要检查肝脏囊肿的情况和肝脏功能，判断肝脏有没有损伤，如果有明显损伤，需要及时的给予保肝治疗和手术治疗改善。
多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
肝囊肿可以适当少量饮酒。但是不宜过多，否则会加重肝脏的负担，可能会导致囊肿进一步的加重。肝囊肿依附在肝脏上会对肝脏的功能产生影响，肝脏的解毒和代谢功能受损，而酒精恰恰又需要通过肝脏代谢和解毒，酒精进入人体后，不仅会导致低密度脂肪蛋白合成减少，而且还会加重肝细胞发生变性和坏死。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
