通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
一般来说，如果有6cm的肌瘤，或是由于肌瘤导致的月经过多，或是由于肌肉肿瘤生长的加快，通常要做子宫肌瘤的外科治疗。45周岁以内的患者，可以选择手术摘除，而50岁以后可以手术。45-50岁时视具体状况而定。可以做腹腔镜、开腹、经阴道等，具体要看患者的具体情况和患者的技术。如果是第一次出现的卵巢囊肿，一般需要在3-6个月内进行检查。如果超过5cm，并且在6个月内不消退，可以切除。
建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
子宫肌瘤和卵巢囊肿是两种不同的疾病，都会影响正常生活，威胁到生命。卵巢囊肿开始长在卵巢里面，而子宫肌瘤则是发生在子宫处，卵巢囊肿可能是良性，也有可能是恶性，良性危害小，及时治疗就能康复，恶性的会威胁到生命。子宫肌瘤是良性的，但是不及时治疗也会慢慢的发展为恶性，所以两种疾病后者都很严重。如果直径超过三公分，建议手术，积极配合医生治疗。
通常子宫肌瘤和卵巢囊肿都属于妇科肿瘤，而子宫肌瘤是激素依赖型的良性肿瘤，卵巢囊肿分为生理性囊肿、病理性囊肿，其中，病理性囊肿分为卵巢良性肿瘤、卵巢恶性肿瘤，因为卵巢组织比较复杂，各种肿瘤都可能发生，所以患者出现病理性卵巢囊肿，应该尽快进行手术治疗。怀疑恶性肿瘤应该通过冰冻病理切片检查来决定手术方式。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
可以先试试药物治疗，但就是需要长期服用，只能起到控制或缓解症状效果，但对于瘤体消除是不太可能的。所以还是考虑做手术切除子宫缓解疼痛。没有什么好的办法，还可以口服药物，也可以通过手术治疗。
