保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾的治疗方法可采取开放腔镜手术和微创手术进行治疗，对压迫肾脏的囊做去顶减压治疗以改善症状。如果有感染，那么就要控制感染，如果长结石，那么就需要按照肾结石来治疗，对于多囊肾里头，某些囊肿长的比较大的，可以去做穿刺，或者是做腹腔镜。
多囊肾是一种遗传性肾病，目前对该病的治疗有非手术治疗和手术治疗。非手术治疗为内科对症治疗，多囊肾患者容易出现血尿，出现肾功能衰竭的多囊肾患者易于合并高血压、贫血等，这时的治疗需要针对症状进行止血、改善肾脏循环、控制血压、纠正贫血等。
建议中医中药治疗。目前中医在多囊肾的治疗方面采取保守治疗，效果甚好。中医认为多囊肾是内因外因共同作用的结果，通过梯级导流，逐步让囊肿液排出体外，达到囊肿逐步缩小的目的。
双肾多囊肾不一定会恶化，肾囊肿如果发现及时，可根据其部位不同，可手术，也可保守治疗。当然同样效果应是药物治疗为佳。一般不宜手术，以药物控制病情的发展，不至于出现组织受损和功能性变化。
治疗多囊肾可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
