在临床上要给予手术治疗，可以做开腹手术，也可以做腹腔镜手术。腹腔镜的手术损伤小，恢复会快一些，但是价钱也会贵一些。术中绝大部分会采取囊肿剔除手术的方式，保留卵巢组织，并且建议将剔除的囊肿送病理化验，根据病理结果临床再决定下一步的治疗方案。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
无症状的可以保守治疗，也可试用一些中医治疗方法，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见，多为良性肿瘤，极少数是恶性肿瘤。可以密切随访，即2－3个月检查一次。
卵巢囊肿一般是手术治疗为主。卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的那种，一分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，可能会自己消失，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，可以使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿一般需要手术治疗。
患有卵巢囊肿之后，往往因为害怕手术而去试图找一种有效的药物来进行保守治疗，这是正常的一种心理反应，包括医生在考虑病人治疗的时候，也是首选药物的保守治疗，或者是微创和无创的治疗方式。
