肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
肾囊肿穿刺后至少要休息半个月左右，肾囊肿穿刺抽液术后，会有一过性的血尿存在，并可能会有一段时间。目前主要是防止继发泌尿系感染。血液是一个良好的天然培养基，很容易滋生细菌。要积极抗炎治疗，做好预防工作，以免发生肾盂肾炎疾病，影响肾脏代谢和功能。
肾囊肿穿刺硬化治疗是治疗肾囊肿的一种比较好的方法，它就是在b超的引导下，经皮肾穿刺进入囊腔内，将囊腔内的液体抽出，然后按照一定的比例将95%的无水酒精或者其他的硬化剂注入囊壁内，通过充分的灌洗将肾囊肿的囊壁黏膜进行破坏，减少囊壁的分泌功能，通过这种治疗可以减轻囊肿的进度，可以使囊肿缩小，囊肿的分泌功能减退，从而抑制囊肿进一步的增大，达到治疗效果。
肾囊肿穿刺，如果是个单发的肾囊肿，一般都是门诊手术。穿刺后，一般要求病人24小时平卧休息，但是如果是囊肿是多发的囊肿，这种穿刺一般要求住院治疗，住院穿刺后，一般还要休息三天左右。
一般情况下，肾结石和肾囊肿可能会出现血尿、腰痛等影响，具体内容如下：
1.血尿：如果患者患有肾结石和肾囊肿，可能会导致泌尿道黏膜受到一定的损害，可能会导致毛细血管破裂，出现血尿的情况。
2.腰痛：如果患者患有肾结石和肾囊肿，并且结石、囊肿的体积比较大，可能会使肾脏受到压迫，从而影响到肾脏的正常工作，可能导致患者出现腰痛的不适症状。如果受到外力冲击，还可能出现疼痛、出血等症状。
通常肾囊肿都是良性的，而且对肾脏、对身体都没有影响，肾囊肿的大小不超过2cm，不需要特别的药物治疗，每年定期复查即可。只有少数会出现囊肿的增大，可能会增大到5cm以上，这时有可能出现肾脏压迫以及感染、血尿、腰痛等并发症，可以通过微创手术去除囊肿治疗。
