核磁共振作为一个重要的辅助检查，对于明确疾病的诊断有重要的帮助，和头颅CT相比较，头部的核磁共振观察脑梗病灶会更清晰，适合于观察腔隙性梗塞的病变，以及脑干小脑的病变。其中核磁弥散成像，能将新发的脑梗显示出来。磁共振的脑血管成像是利用流空效的够原理，能够发现脑动脉硬化狭窄。另外，核磁共振对椎间盘突出尚有重要的应用价值。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
一般情况下，核磁共振是神经外科最常用的技术之一，应用于大脑病变患者，甚至是癫痫症患者。MRI可以检测到脑部的组织是否有任何的问题，比如肿瘤、出血、创伤、脑组织的畸形等。而且，清晰度更高，甚至可以通过谐波检测，观察到微小的损伤。CT会产生一些放射性物质，对于一些孕妇和即将受孕的女性来说，最好不要接触。而核磁共振成像则比较无放射性，因而更为保险。
核磁共振检查显示右侧胚胎型大脑后动脉，多是血管发育异常引起的一种血管变异，指的就是侧大脑后动脉的血供大部分或者全部来自于同侧的颈内动脉，这种血管变异可能与后循环缺血，颅内动脉瘤，偏头痛，或者是脑白质变性有很大的关系。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
