肾囊肿早期一般无症状，但囊肿会不断增大而出现腰，腹部不适或疼痛；后期会因本身囊内液压力增高而破裂出现血尿，或腹部可触及肿块等情况.一般采用穿刺硬化方法治疗，但也容易复发.。此病药物效果不佳，建议不要用药物治疗。
当囊肿小于五厘米的时候，是不需要治疗的，定期复查就可以，对于5到8厘米的，可以治疗也可以不治疗，这得看病患的情况，但是低于八厘米以上的囊肿，一般是建议手术治疗的。
专科医院。这些专科医院几乎可以看任何病，小到小感冒发烧，大到重病杂症。三甲医院优势在于优质医疗资源集中，如果不是特别细分的复杂专科病，可以到三甲就诊，三甲收费透明，也基本能够满足看病需求。
可以采用超声进行监测，如果是囊肿直径大于四个厘米，可以在超声引导下进行囊肿穿刺并引流囊液，同时可以使用95%的乙醇或者四环素作为硬化剂注入囊腔内。但是如果肾囊肿直径大于八个厘米，可能需要手术治疗，有条件者可以行腹腔镜下肾囊肿去顶术进行治疗，这种手术创伤小，疗效确实，术后患者恢复快，已经成为治疗有手术指针的单纯性肾囊肿的精标准方法。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
有可能是肾部位局部组织细胞异常增生反应引起的肾囊肿，需要依照具体的症状使用软坚散结的药物进行治疗，从而控制肾部位的囊肿，如果症状进一步加重，肾囊肿进一步增大，是需要及时进行手术切除囊肿的。平时需要注意观察具体的反应调节。
