引起小儿肠套叠的原因很多，如病毒性疾病、轮状病毒腹泻、上呼吸道感染等。病理性的如小肠的梅克尔憩室、小肠息肉、小肠重复畸形等。病理性肠套叠的保守治疗效果欠佳，最终都需手术切除。
肠套叠的病因尚不明确，可能有以下几方面:
第一，饮食改变，出生后4-10个月会添加辅食，增加乳量，肠道疾病高发，婴儿肠道无法适应添加食物的刺激，肠道功能紊乱导致肠套叠。
第二，回盲部解剖因素，婴儿回盲部游离性大，回盲瓣肥厚，小肠系膜较长，婴儿回肠、盲肠直径较大，会有丰富的淋巴结组织，因炎症和食物刺激导致充血、水肿、肥厚，肠蠕动将回盲瓣向前推，牵拉肠管。
第三，感染病毒，肠道叠与肠道内腺病毒、轮状病毒可能有关。
第四，肠痉挛，自主神经失调，因食物、腹泻、炎症、细菌、寄生虫、毒素刺激肠道，肠蠕动功能节律紊乱，逆蠕动。
第五，遗传因素。
妊娠合并肠梗阻的原因有以下几种：
一、主要原因
1.正常肠腔因子宫增大压迫肠襻而过度压迫变得狭窄，构成肠梗阻。
2.病人曾做过阑尾炎或妇科手术，例如剖宫产。做过手术者肠段易形成粘连，妊娠时期受增大子宫推移而逆转出现肠梗阻。
3.病人除妊娠外，可有肠腔内肿瘤，腹部肿块或肠腔内先天畸形。
二、诱发因素
既往腹部手术史肠粘连病人腹部手术史以阑尾炎术最为多见，妇科手术（含剖宫产）次之。
通常情况下，毛石肠梗阻综合征是肠梗阻或幽门梗阻引起的。
毛石肠梗阻症候群的病因是由于吞食了大量的长纤维物质，无法被人体消化，从而在胃肠蠕动的机械力作用下发生卷曲，从而导致高位肠梗阻或幽门梗阻。主要是因为有异嗜性或精神病的人喜欢咀嚼吞咽长纤维材料，如头发、丝线类物质，这种物质在胃部的蠕动下无法被人体消化，会在胃部的蠕动中卷曲成一团，当胃液被胃液推动到小肠时，毛石的尾部会通过幽门进入空肠，因为它会缠得很紧，无法继续向前，在胃和空肠的上段会越来越大，造成高位肠梗阻或幽门梗阻，而毛石则会挤压到肠壁的系膜一侧，造成坏死，甚至穿孔。
肠套叠和孩子的肠道发育以及消化不良、腹泻等情况息息相关，和饮食关系不是很大。肠子套住肠子相当于局部有肠梗阻的情况肯定会引起呕吐的。如果是肠道发育不良所致，则有可能还会出现腹复套。
婴幼儿出现肠套叠，80%以上的人出现便血。但是引起便血的原因很多，其中以先天性巨结肠多见。便血易使婴幼儿出现缺铁性贫血。
临床上一般采用保守治疗，包括补铁及对症处理。它的治疗方法分为手术疗法与非手术疗法。对于不适合外科手术的患儿，可采用保守治疗。带治婴幼儿肠套叠愈合后，查贫血的程度。如果发现贫血严重，建议及时行腹腔镜探查术或剖腹取石术来清除病变组织及坏死物质。贫血程度较轻，可适当增加补铁辅食及丰富高蛋白食物。如果贫血程度较严重的话，建议及时到医院接受诊断与治疗，以保证孩子能够正常生长发育。如果贫血程度较重，最好在医生指导下治疗。
