手术是治疗鳃裂囊肿的最有效方法。手术切口常选择在下颌骨侧皮肤，与皮肤纹路一致，切口愈合后的瘢痕是在皮肤上划了一条线。伴有感染者不宜做手术，应使用抗生素控制感染后再接受手术治疗。
半月板囊肿已经形成是否需要手术，需要根据实际情况进行判断。
半月板囊肿通常是由于关节的退变性或外伤所致，由于半月板受损，导致的半月板上或半月板中积聚了大量的液体，从而导致了半月板的囊肿。可能会出现膝关节疼痛、绞索、活动受限、体表有囊性软包块等症状。半月板囊肿需要做磁共振才能诊断。大多数患者在做半月板囊肿时，都要进行关节镜下的外科手术，比如将囊肿处的半月板进行整形，或是将其去除。
如果是小的囊肿，那就不用担心了，因为它是一种很好的疾病，不会有什么恶性变化。只要每年来一次B超，定期检查肝脏的情况，因为肝脏的囊壁会有一定的分泌，所以会慢慢的增加，但是增长的很慢，不用在意。在这种情况下，女性比例比较高，一般都是5%。
避免加重肝损害，避免极低热卡饮食减肥，避免使用可能有肝毒性的中西药物，慎用保健品，戒烟戒酒。每天坚持中等量有氧运动30分钟，每周5次，或者每天高强度有氧运动20分钟，每周3次。
肝囊肿不需要特殊的处理，如果肝囊肿长的比较大，特别是超过10cm，位于肝脏表面，可以考虑行肝囊肿的开创引流术，将囊肿里的囊液排出来，这样可以缓解不适的症状。其它的没有很特别需要注意的，如果发现有肝囊肿，每年可以定期复查，观察囊肿的大小有没有变化。
如果是囊肿都需要手术治疗。一般长在上颚骨囊肿分为鼻腭囊肿和正中囊肿两种。这种囊肿不是跟牙齿有关系的囊肿，而是在发育的过程当中，在骨缝联合的过程当中有上皮残留，形成囊肿。所以需要尽早进行手术将囊肿摘除。
